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病原微生物宏基因组检测(DNA+RNA)

龙湖区万核医学基因检测咨询中心是汕头市龙湖区专业病原微生物宏基因组检测(DNA+RNA)预约机构,位于汕头市龙湖区长平路93号(如需办理,需提前预约),预约电话4001789498。为龙湖区、金平区、濠江区等地患者提供精准病原微生物检测服务。

预约价 ¥5200
¥6760
省¥1560
报告时间:3-5个工作日
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检测项目详情

微生物宏基因组检测(DNA+RNA)

产品名称:微生物宏基因组检测(DNA+RNA)
所属分类:感染检测
产品子类:宏基因组项目
检测方法:二代测序
报告周期:24-48小时

一、项目介绍

微生物宏基因组检测(DNA+RNA)是一项基于二代测序技术的感染体检测方案。它通过对临床样本中所有微生物的DNA和RNA进行无偏倚测序,一次性覆盖细菌、(DNA和RNA)、真菌、寄生虫等多种体,并同步分析抗性基因与毒力基因,为感染性精准诊断与治疗提供依据。

感染现状与中国数据

龙湖区万核医学基因检测咨询中心提供专业的病原微生物宏基因组检测(DNA+RNA)检测服务。预约电话:400-178-9498

感染重大的挑战,精准、快速的学诊断是有效治疗和控制感染。当前,感染性诊断与治疗面临严峻形势:

  • 结核沉重:中国是结核高国家之一,数量第三,耐药结核出现进一步加大了防控难度。
  • 医院感染不容忽视:在重症监护(ICU),医院感染发生率高达15%-30%,显著延长住院时间,增加率和医疗。
  • 细菌耐药形势严峻:临床分离菌株中,耐药菌的检出率呈持续增长趋势,特别是碳青霉烯类耐药革阴性杆菌的流行,给抗感染治疗带来极大挑战。
  • 社区获得性肺炎(CAP)高发:CAP是常见的感染,高,谱复杂,快速明确体对指导经验性治疗升级或降阶梯。
  • 脓毒症死亡率高:脓毒症及脓毒性凶险,死亡率高,早期识别体并给予精准抗感染治疗是改善预后的核心环节。

传统微生物方法耗时长、阳性率有限,且无法覆盖、非体及难细菌。在此背景下,微生物宏基因组检测快速、、无需预设靶标的技术优势,成为解决复杂、疑难、危重及新发突发感染诊断难题的有力。

样本类型:本检测适用于多种临床样本,静脉血、痰液、肺泡灌洗液、脑脊液、水、积液、拭子(如咽拭子)、实体组织以及粪便等,为不同部位感染的学诊断提供灵活选择。

临床应用:本检测可一次性检测细菌、(DNA和RNA)、真菌和原生生物(寄生虫)31033种微生物,同时解析4417种抗性基因以及484种毒力基因的表达水平。临床应用价值在于:确定感染微生物种类;明确体携带的抗性基因谱,预测耐药表型;评估毒力基因表达水平,判断体潜力;最终为临床抗生素的精准选择与应用提供直接指导,助力抗感染治疗从“经验性用药”迈向“精准用药”。

二、感染诊断决策路径

在临床抗感染实践中,诊断路径的优化直接治疗成败。微生物宏基因组检测(mNGS)作为新一代诊断技术,嵌决策节点。

感染诊断与治疗决策演进图

阶段 主要方法 特点与局限 决策意义
第一阶段:经验性治疗 基于临床症状、体征、学及快速检验(如血常规、CRP、PCT) 快速启动,但存在用药盲目性,可能导致治疗无效、不良反应或诱导耐药。 初始治疗步骤,但需尽快寻求学证据。
第二阶段:传统学检测 涂片镜检、与药敏、靶向抗原/抗体检测、单重PCR等 是金标准,但耗时长(数天至数周)、阳性率低;靶向检测范围窄,易漏诊未知或非体。 为部分提供确诊依据,但对危重、疑难、混合感染或阴性感染帮助有限。
第三阶段:宏基因组测序(mNGS) 微生物宏基因组检测(DNA+RNA) 无偏倚检测,覆盖数万种;报告快速(24-48小时);直接检测,不受限制;同步分析耐药与毒力基因。 破解传统诊断瓶颈,快速明确体及耐药信息,是推动治疗转向精准转折点。
第四阶段:精准靶向治疗 根据mNGS检测结果,结合药敏报告(传统或分子)及 针对明确体选择最有效、最窄谱的抗微生物药物;优化用药方案(剂量、疗程)。 实现个体化治疗,提高疗效,减少广谱抗生素使用,遏制细菌耐药,改善预后。

该决策路径强调,对于经验性治疗无效、危重复杂、疑似新发突发或抑制宿主感染,应积极、及早地将mNGS诊断流程,以缩短诊断周期,指导精准干预。

三、体与基因覆盖范围

本检测依托于庞大的微生物基因组数据库与生物信息学分析流程,实现了对临床体的广泛覆盖与深度解析。

细菌

覆盖革氏阳性菌、革氏阴性菌、分枝杆菌、厌氧菌、衣原体、支原体、立次体、螺旋体等21000种。常见菌及多种难或苛菌。

同步检测DNA与RNA,覆盖呼吸道、肠道、肝炎、疱疹、逆转录、新发等8000种。对于RNA(如流感、、诺如等)的检测独特优势。

真菌

覆盖菌(如念珠菌)、丝状真菌(如曲霉菌、毛霉菌)、双相真菌及肺孢子菌等1500种。助力侵袭性真菌感染的早期诊断。

寄生虫/原生生物

覆盖阿米巴、疟原虫、弓形虫、隐孢子虫、巴贝西虫、利什曼原虫等500种。适用于感染、机会性感染及寄生虫诊断。

基因分析模块:在物种鉴定基础上,本检测还整合了深度基因分析:

  • 抗性基因分析:检测4417种抗生素抗性基因,涵盖β-类、糖肽类、氨基糖苷类、大环类、喹诺类、四环素类、多粘菌素类等重要抗菌药物类别,为预测耐药表型、指导抗生素选择提供分子依据。
  • 毒力基因分析:检测484种与体侵袭、定植、逃逸、毒素产生等毒力基因,有助于评估体的潜在力强弱。

四、检测流程

1
样本采集与运送:根据感染部位,由临床医生规范采集相应样本(如静脉血、肺泡灌洗液等),使用专用采样管,低温保存并及时运送至检测实验室。
2
提取与质检:对样本进行前处理,同步提取总DNA和总RNA,并评估的质量与浓度,确保符合建库要求。
3
文库构建与测序:将提取的构建成适用于二代测序的DNA文库和RNA文库(经逆转录),随后在高通量测序仪上进行双端测序,生成海量的序列数据。
4
生物信息学分析:对测序数据进行质量控制,去除人源序列背景。将剩余序列与庞大的微生物数据库进行比对,完成物种鉴定、丰度计算,并分析抗性基因与毒力基因。
5
结果解读与报告:结合序列数、基因组覆盖度、临床意义等因素对检测出的微生物进行解读,区分菌、定植菌或环境背景。最终生成体列表、相对丰度、耐药与毒力基因信息及临床提示的详细报告,在24-48交付。

五、在抗感染监测与管理中的应用价值

本检测服务于个体精准诊疗,也在医院感染控制、学监测及应急中发挥重要作用。

  • 疑难危重感染快速诊断:对于脓毒症、中枢神经系统感染、重症肺炎、缺陷感染等,能快速提供学线索,打破诊断僵局。
  • 抗生素管理(AMS):通过明确体及耐药基因,促进抗生素的精准使用,减少广谱抗生素的经验性滥用,是支持医院抗生素科学化管理的重要技术手段。
  • 医院感染暴发调查:通过对疑似院感暴发的体进行宏基因组测序与比对,可进行同源性分析,追踪感染源与传播链,为及时控制暴发提供分子学证据。
  • 新发突发预警:无偏倚检测特性能够发现未知或罕见体,在新发突发传染早期识别与鉴定中不可替代的优势。

、送检须知

  • 适用人群:疑似感染,适用于经验性治疗无效、危重进展、缺陷、疑似混合感染、疑似新发或特殊体感染、传统检测反复阴性但临床高度怀疑感染的。
  • 样本选择:采集疑似感染部位的样本(如肺炎取肺泡灌洗液,中枢感染取脑脊液)。对于性感染或体不明时,可考虑采集静脉血。样本类型选择请临床指南或咨询专业人员。
  • 样本要求:使用指定的无菌容器或专用保存液/管。采集过程严格无菌操作,污染。样本量需满足检测要求。不同样本的运输与保存温度条件各异,请遵循相应的采样说明,以确保样本质量。
  • 临床信息:送检时请完整填写申请单,提供详细的临床信息,主要症状、体征、时间、史、接触史、基础、状态、已用抗菌药物等,这对实验室进行准确的结果判读。
  • 结果解释:检测结果需由临床医生结合临床表现、影像学、实验室检查等综合判断。报告中检出的微生物需区分是菌、定植菌还是背景菌。耐药基因的检出提示存在耐药可能性,但需注意基因型与表型可能一致。
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